Településünk történelmében és a “Molnári” név kialakulásában a Mura folyó meghatározó szerepet töltött be. Az itt élő emberek számára a megélhetést jelentette, hiszen a folyó biztosította számukra a halászat és a gabonaőrlés lehetőségét. Az idők folyamán számos malom épült a Murán, és sok molnár is dolgozott ezekben a malmokban, kihasználva a Mura erejét. A helyi emberek és a környező vidékről ezekbe a malmokba szállították a gabonát.

A községet először Molnáry alakban egy 1321-re keletkezett hamis oklevélben említik, minta a kanizsai vár tartozékát, amelyben több nemesnek volt birtoka. 1778-ban- és később is sokszor- Mlinarce-nak nevezik, a helybeliek ma is igy mondják. Története szorosan és sok szállal kötődik Tótszerdahelyhez és a török időkben elpusztult Szentmihályhoz. A XV-XVI. században legfőbb birtokosai a Szentmihályi, a Zele – nekik kúriájuk is állt itt – Billey, a Chernel és a Hásságyi család voltak. Sokszor szerepel az oklevelekben hatalmaskodások és birtokperek tárgyaként. Népes falu lehetett, hisz az egyik nagy forgalmú murai rév mellett feküdt. 1542-ben Zele Jakabnak 10, a két Hásságyi fivérnek (ill. egyikük özvegyének) együtt 5, két más nemesnek 1-1, a helyi plébánosnak ugyancsak 1 portáját adóztatták.

Ez utóbbi oklevél szerint plébániája is volt Molnárinak, de késői szervezésű lehetett, mert a Holub által felhasznált pápai tized jegyzékben nem szerepel. Az 1548. évi dikális összeíráskor mindössze 13 puszta, 26 szegény, 1 felégetett és 9 új házat vettek lajstromba itt, Szerdahelyen, valamint Szentmihályon. Az elmenekült lakosok egy része azonban hamarosan visszatért és a felperzselt viskókat újjáépítette. 1564-ben ismét népes település. Szigetvár 1566. évi eleste után a török újra végigrabolta a vidéket. Ennek szomorú következménye, hogy az 1569. évi úrbéri összeírás idején már ismét csak 4 negyed telkes jobbágy lakta e falut. Az ismétlődő török támadások hatására a következő évtizedben a környék csaknem teljesen elnéptelenedett. Ekkortájt építették ki a török ellen Kanizsától Nyugatra a végvárak láncolatát, melynek egyike épp Molnáriban volt, a falu fölé magasodó Vármelléki (Gradiscse) dűlőben. A harcokról és Zrínyi Miklósról még ma is több monda él a nép ajkán. Úgy tudják, hogy mikor az ostromra készülő törökök a Táboriscse réten gyülekeztek, Zrínyi kitört a várból és a közeli tóba szorította őket.

A néphit szerint Zrínyi tulajdona volt a vízimalom is, mely a Zrínyi-mezőben (Sztiszka) állt. 1598-ban ismét összeírtak 23 házat, de csakhamar felégették őket a Kanizsa bevételére (1600) gyülekező törökök. A hódoltság idején Molnári többnyire lakatlan maradt. Csak 1710 körül kezdett újra benépesedni főleg muraközi, illetve Murán túli horvátokkal, de csak néhány család telepedett le tartósan. 1715-ben pl. mindössze 4 jobbágy és 1 zsellér lakta. A jobbágyok már 1728-ban is feltűnően apró telkeken gazdálkodtak. A hét zsellér mindegyike fél holdnyi irtás földet művelt. Bár a migráció erős volt, a XVIII. század derekától a falu gyorsan benépesedett. 1770-ben már 50 család lakta, melyek közül 6 a Horvát, 4 a Vuk, 3-3 a Ferencsák, a Kobra, illetve a Dobos nevet viselte. A földesúr a török kiűzése után többször változott és szinte mindig ugyanaz volt mint Tótszerdahelyen.

1720-ban Mercy generális, 1728-ban Festetich Kristóf, nem sokkal később Zajgár György, majd ismét a Festetich család. Zajgár  földesurasága   alatt a jobbágyok fellázadtak a mértéktelen kizsákmányolás, főleg a növekvő robot és a kisajátítások ellen. A század közepén Molnári a Festetich családtól – valószínűleg zálogjogon – gróf Fekete György birtokába került, (ő is szinte az elviselhetetlenségig fokozta a robotot) később meg is vásárolta és még 1815-ben is birtokolta. Egyik forrásunk szerint 1790 körül a Csuzy család lett birtokos, a XIX. század elején pedig részbirtokos már a Halasy család is. A falu egyetlen szőlőhegye Sándorhegy már a XVIII. századtól az Inkeyeké volt. Molnári 1836 – 1837. évi utolsó fennmaradt dikálisában 50 adózó szerepel, közülük 9 házas, 3 pedig házatlan zsellér volt. A jobbágyok átlag 2-2 hold I-II-III. osztályú szántó és 2+2 vagy 2+1 hold I. illetve II. osztályú rétet műveltek. Szőlőjűk nem volt. 33 fejőstehenet, 55 hámos lovat és 52 sertést írtak össze. Valamennyien III. osztályú házban laktak. 1847 végén 17 jobbágy és 7 zsellér telket írtak össze a faluban. A határ rendezése megtörtént, de a legelő elkülönítés nem.

1848 tavaszán a parasztok megyénkben is jobbágyfelszabadítás továbbfejlesztésére törekedtek. Simonffy Emil a Molnáriak megmozdulásáról ezt írja: ,, Molnáriban a földesúr április 9.-én korábbi évek szokása szerint árvarés útján kívánt bérbe adni 1 nagyobb tábla szántóföldet. A falusiak azonban a földesúri tiszttartó előtt kijelentették: A kérdéses szántóföldet a Molnári erdőből irtották ki évekkel ezelőtt, ehhez nekik van joguk, azt bérbe adni nem engedik hanem közösen fogják használni. Amikor pedig egy szomszéd helységbeli nemes 3 holdat ki akart venni haszonbérbe, a Molnári lakosok megtámadták, megverték, majd a községházára bekísérték és kalodába zárták”. A hagyomány szerint a Sziszek nevű bereknél kelt át a Murán Jellasits egyik hadosztálya, de ágyúikkal nem tudtak keresztül vergődni az ingoványon, és belefulladtak a mocsárba. A lakosság lélekszáma 1785 – 1869 -ig 342-ről 617-re emelkedett, és arányosan nőtt azon túl is. A polgárosodás az önkényúralom idején és után csak lassan indult meg. Bár a volt úrbéresek egykori földjeik szabad tulajdonosai lehettek, a kapitalista gazdagodás lehetőségével a birtokok kis terjedelme miatt csak kevesen élhetek. Nagy hatással volt a község fejlődésére, hogy 1870-ben a szomszédos Murakeresztúr vasútállomást kapott. A gazdálkodók könnyebben értékesítették termékeiket. A nincstelenség így is nagy maradt, sőt a népszaporulat miatt fokozódott. Többen kivándoroltak Amerikába, az agrárproletárrá váltak többsége pedig évről-évre 6 hónapos summás munkával vagy képes aratással szerezte meg a család kenyerét.

Karabéjos Elek Alsólendvai ügyvéd – aki Lyka Sándor birtokát felvásárolta – 1903-ban birtokát parcelláztatta. Ekkor 139 általában 1200n.öles földterülethez jutottak a parasztok a török időkben elpusztult Szentgyörgy helyén. A következő parcellázás csak Trianon után 1928-ban volt Molnáriban, amikor a Légrád tulajdonában lévő 592 kat. holdból 300 holdat az OFB. 662 darab 180-500 négyszögöles parcellát alakított ki, melyet a parasztoknak adott el. A csaknem 1000 lélek számára azonban ez a gyarapodás jelentős javulást nem hozhatott. Századunk első évtizedeiben az ipart 2 kovács, 2 cipész, 2 kőműves, 2 ács és 3 takács képviselte, akik elegendő munka híján nehezen éltek. A környék egyetlen ipari vállalkozása az 1896-ban létesített Fischl féle tégla-, cement-, és tetőcserép üzem volt, mely 8 lóerős géppel és 12 munkással működött. A közellátást 2 fűszerkereskedés és a Hangya- szövetkezet szolgálta. 1954-ben létesült az óvoda, 1964-ben orvosi rendelő lakással. 1965-benmegépült a kultúrház, 1972-ben a Murai Vízmű, mely Nagykanizsát és környékét látja el friss ivóvízzel napjainkban is.

1987-ben nagy nehézségek közepette megépült az Öregek Napközi Otthona. 1990-ben, harangozó Vilmos plébánosnak köszönhetően létesült a templom, ugyanebben az évben állítottak emléket az I.és II. világháborúban hősi halált halt helyi áldozatainak. 1991-ben felvetődött a határátkelő újraindításának gondolata Molnári – Kotoriba között. A végleges nyitás még várat magára, de ideiglenesen 1992-től több alkalommal 1-1 napra murai átkeléssel látogathatják egymást a két falu lakói. A rendszerváltozás után Molnáriban is megalakult a helyi önkormányzat. 1994-től pedig egyben Horvát Kisebbségi Önkormányzatként is működik.1990-ben átadásra került az új római katolikus templom, melyet Harangozó Vilmos plébános kezdeményezésére a helyi lakosság épített..

1995-től teljes infrastruktúra áll rendelkezésre a lakosság számára ami növeli az életszínvonal minőségét a település értékét. /szennyvíz hálózat Biogest típusú tisztítóművel, gáz, telefon, kerékpárút, komp utca építése /.. Az Önkormányzat rendezési terve között szerepel a minél több lakótelek kialakítása, hogy a turisztikai és természeti adottságokkal rendelkező településen növelje a betelepülők, építkezők számát, 2003. márciusában elkezdődött a kerékpárút hátralévő szakaszának befejezése. A fejlesztési folyamatok nem álak meg , és még napjainkban is folyamatban vannak. Megépült a látogató központ,mely helytörténeti kiállítással, a Mura folyó élővilágát megjelenítő akváriummal várja kedves vendégeinket. Felújításra kerültek a település középületei, Sándor hegy zártkert  víz illetve villannyal való ellátása, / óvoda, kultúrház, kápolna , IKSZT,közterek, templomkert, műfüves sportpálya, nyári turisztikai szálláshely, kikötő a Mura folyón/. A település vezetésének eltökélt szándéka, hogy  a településre érkező vendégeink a kor igényének megfelelő környezetet és  kiszolgáló egységeket találjanak.